Esta expresión se utiliza muy a menudo y -casi siempre- mal. El significado que se le pretende dar es, básicamente, que «no pasa nada porque haya una excepción; la regla sigue siendo válida».
Este significado es erróneo. Este «confirmar» conserva el significado original del latín «confirmare», que significa «poner a prueba».
Es decir, las excepciones ponen a prueba a la regla. Y si existen, es que la regla no es válida.